Hallo Petra!
Der Unterschied ist der, dass beim Werksverkehr keine Abgaben (LSt) anfallen, und somit der AN keinen Aufwand für die Fahrten zwischen Wohnung und Arbeitsstätte hat.
Der Fahrtkostenersatz jedoch ist in der LSt pflichtig, somit hat der AN einen Aufwand und die Pendlerpauschale ist daher gerechtfertigt. Dasselbe würde übrigens auch gelten, wenn der AN ein Firmen-KFZ privat nutzen darf, da ja hier über den SB der Aufwand entsteht.
Aufpassen muss man in diesem Zusammenhang nun auch mit dem neu geregelten § 26 Z 5 lit.b):
… mit Massenbeförderungsmitteln, wenn der Arbeitnehmer dem Grunde nach die Voraussetzungen für die Gewährung des Pendlerpauschales nach § 16 Abs. 1 Z 6 lit. b oder c erfüllt.
Wenn der AG direkt an das Beförderungsunternehmen zahlt, handelt es sich um eine spezielle Form des Werkverkehrs (somit nicht steuerbar), dem AN entstehen dann keine Kosten, somit auch keine Pendlerpauschale möglich.
LG