Hallo Andrea!
Was ich so von den PersonalverrechnerInnen weiß ist, dass in deinem Fall so vorgegangen wird:
September: Auszahlung der restlichen Sonderzahlung auf Vollzeitbasis (heißt: Vollzeit-Gehalt x 2 : 12 x 9 minus bereits ausbezahlter UZ).
Oktober oder November (je nach Fälligkeit lt. KV): Ausbezahlung der (restlichen) 3 Monate auf ATZ-Basis: ATZ-Gehalt x 2 : 12 x 3 plus Lohnausgleich.
Vor der Problematik „niedriges Entgelt“ (AlV-Rückvverechnung) würde ich mich nicht fürchten – mE ist bei dieser Berechnungsvariante kein „Missbrauch“ zu erkennen.
LG