Hallo Gerhard,
woher diese Differenzen stammen, kann ich im Moment nicht nachvollziehen. In jedem Fall würde ich davon abraten, die Sonderzahlungen in monatlichen Raten mit dem Gehalt auszuzahlen, weil die Sonderzahlungen dann den steuerlichen Charakter als „sonstiger Bezug“ und damit die Lohnsteuerbegünstigung verlieren. In monatlichen Raten ausgezahlte Sonderzahlungen sind zusammen mit dem Gehalt als laufender Bezug zu versteuern (RZ 1050 LStR). So gesehen wäre Dein zweiter Lohnzettel ohnehin falsch.
LG
Mathias