Wenn der Lohnaufwand für die Ehegattin teilweise nicht als Betriebsausgabe anerkannt wird, liegt insoweit eine Schenkung bzw. eine Unterhaltszahlung vor (bei einer GmbH wird diese Zahlung wohl als verdeckte Gewinnausschüttung zu sehen sein). Derartige Zuwendungen aus privaten Gründen sind bei der Ehegattin nicht steuerbar im Sinne des EStG und unterliegen deshalb auch nicht dem Lohnsteuerabzug. Wenn also infolgedessen zuviel an Lohnsteuer einbehalten und abgeführt wurde, würde ich einen Antrag auf Rückzahlung gem. § 240 Abs. 3 BAO stellen. Das geht allerdings nur für 5 Jahre rückwirkend und nur insoweit, als die Beträge nicht im Wege der (Antrags-)Veranlagung ausgeglichen wurden bzw. auszugleichen wären.
Eine Rückzahlung dieser privaten Zuwendungen stellt keine steuerlich zu berücksichtigende Rückzahlung von Arbeitslohn dar; ein Werbungskostenabzug ist deshalb nicht möglich.
Hinsichtlich KommSt, DB und DZ würde ich entsprechend berichtigte Meldungen bzw. Erklärungen abgeben. Ebenso müßte m.E. der Lohnzettel entsprechend § 84 Abs. 3 EStG berichtigt werden, da ja die Bemessungsgrundlagen und die abzuführende Steuer objektiv falsch sind.
Vgl. VwGH 24.9.2003, 2000/13/0003.